El primer projecte que farem serà sobre Plantes Medicinals i medicaments amb l'objectiu de crear una taula interactiva que contingui informació fiable sobre medicaments, a base de plantes, utilitzant fonts d'informació confiables.
Els projectes que farem seran:
Plantes medicinals i medicaments
Mapa d'imatge
Circuit de fórmula 1
Calendari amb fets històrics
PROJECTE: RECERCA DE NOUS FÀRMACS PER ORDINADOR
1. Pujar arxius amb el vostre fàrmac, els 6 ginkgòlids i la vostra proteïna a http://swissdock.ch/docking# recordeu la proteina en format pdb i els fàrmacs o ginkgolids en format mol2 (ginkgòlids en mol2 annexes). Recorda que pots preparar els productes amb Avogadro, Chimera, ChimeraX amb DockPrep, Add H, Add 3D i "sdf convert to mol2 online" o "mol convert to mol2.online"
2. Baixar per cada docking 3 resultats del mail de swissdock que caduquen en 7 dies: arxiu csv, arxiu zip i arxiu openchimera i guardar els 3 arxius en una carpeta amb el nom de la proteina i el nom de cada producte per exemple en una carpeta CodiPDB_NomFarmac com 1EEA_GinkgolideB
3. Pujar tots els csv obtinguts de swissdock per obtenir els resultats finals per obtenir gràfics i saber si els ginkgòlids tenen activitat semblant al vostre fàrmac https://colab.research.google.com/github/drfperez/DeepPurpose/blob/main/SwissdockAnalysisOK.ipynb
4. Treure conclusions dels gràfics obtinguts amb el codi del professor de la vostra proteina diana i el vostre fàrmacs de referència i posar les imatges obtingudes dels gràfics en la vostra web de neocities responent a moltes preguntes Per quina malaltia i per quin mecanisme la unió del fàrmac a la proteïna té un efecte terapèutic? Els ginkgòlids provats tenen activitat in silico (docking molecular) en el vostre model? Quin compost és més actiu? Després de la recerca in silico que heu fet en que consisteix la recerca in vitro, in vivo i estudis clínics?
